火影忍者手游中的秘境挑战是玩家提升战力、获取稀有装备的重要途径，而选择适配的忍者能大幅提升通关效率。根据玩家实战经验与多平台攻略佩恩天道、旗木卡卡西万花筒写轮眼、六尾人柱力羽高以及秽土三代等英雄凭借技能机制与实战表现，成为当前版本公认的秘境优选角色。
佩恩天道凭借强大的抓取技能与爆发伤害稳居榜首。其一技能万象天引可直接控制BOSS，二技能神罗天征造成范围高伤，配合普攻连招能在短时间内压制目标。尤其在阴阳、水牢、烈焰等秘境中，佩恩的抓取机制可打断BOSS技能循环，形成无限连击。虽然远程能力稍弱，但通过替身术穿越毒风秘境屏障的独特操作，仍能保持高效输出。其奥义地爆天星兼具清场与控制效果，在罡体秘境中可快速清除霸体人偶，是速刷玩家的首选。
旗木卡卡西万花筒写轮眼则以全能性著称。水龙弹的远程攻击可穿透毒风屏障，土流壁的瞬间爆发能秒杀落岩秘境的分身。其技能组合兼顾抓取、位移与范围伤害，例如雷切·双穿光既能突进又能后撤，灵活应对不同秘境机制。奥义神威的大范围吸附效果可高效清理罡体秘境的霸体敌人，而普攻稳定性使其在烈焰、水牢等场景中保持持续压制力。对于需要频繁切换战术的随机秘境，卡卡西的应变能力尤为突出。
六尾人柱力羽高凭借独特的控制体系占据第三名。长按二技能生成的气泡屏障可封锁落岩秘境的分身生成点，远程普攻直接击破毒风结界的特性大幅节省时间。其奥义泡沫乱波不仅能造成大范围伤害，在雷霆秘境中还可通过时停效果使BOSS强制进入虚弱状态。阴阳、水牢等场景中，羽高通过技能循环可实现近乎无限的控制链，特别适合需要精准打断BOSS动作的高难度副本。
其火遁·豪龙火与土遁·土流壁的组合技可远程消耗，而五遁·大连弹的奥义爆发配合队友抓取能瞬间清空BOSS血量。对于追求稳妥通关的中低战力玩家，秽土次郎坊的抓取与护盾机制也值得尝试，其土遁·土牢堂无既能保护队友又可限制BOSS走位。选择英雄时需结合秘境类型调整策略，例如罡体秘境优先佩恩或卡卡西，而毒风秘境则依赖羽高或卡卡西的远程能力，通过合理搭配实现效率最大化。
