要捕捉口袋妖怪火红中的水君，需要先完成主线剧情。必须击败石英联盟的四大天王和冠军，这需要将队伍的精灵等级提升到足够高并合理搭配技能。击败冠军后会获得国家图鉴，这是触发水君出现的关键条件。国家图鉴的获得需要自身在关都地区捕获至少60种不同的精灵，并且还得通过大木博士的认证才行。要是没有完成这一步水君就不会出现，完成前置条件后，水君会开始在关都地区的特定路线上随机游走。需要在这些路线的草丛中反复进出，以增加遭遇水君的几率。
水君的出现是随机的，可能需要多次尝试，每次进入草丛时，要准备好快速应对，因为水君一出现就会尝试逃跑。可以携带会黑色眼神技能的精灵如鬼斯通来防止水君逃脱，这能大大提升捕捉机会。当遇到水君时需要先削弱它的HP，水君是水系和冰系精灵，等级约在40级左右，HP较高但防御一般。建议使用低伤害的攻击，比如点到为止技能避免一击必杀。可以先用属性克制的精灵如电系或草系来进行攻击，逐步降低水君HP至红色区域。同时给水君施加状态异常状态能显著提高捕捉率，可以用电磁波造成麻痹，或用催眠粉让它入睡，这些状态会让水君更容易被捕获。
要是水君处于麻痹或睡眠状态，捕捉的成功率会翻倍。捕捉水君时需要选择合适的精灵球，普通精灵球的效果较差，推荐使用超级球或高级球，要是有大师球可以直接使用，但大师球只能通过特定事件获得数量有限。在战斗中要水君可能会使用极光束或水炮等强力技能反击，自身队伍中最好有能承受伤害的精灵如卡比兽，并随时使用伤药回复HP。
一旦水君HP低且状态异常，就可以开始投掷精灵球。捕捉过程可能需要多次重试，因为水君的逃脱率较高，可以在同一条路线上反复进出草丛直到成功。捕捉成功后水君会加入队伍，之后可以查看它的属性和技能。水君是传说中的精灵，拥有高速度和特攻，适合作为队伍的主力。要是在过程中遇到困难，可以保存进度后再尝试避免丢失进度，水君的整个捕捉过程需要大约20到30分钟的实际时间，这取决于自身的准备和运气。
