舰队搭配的核心不是把高稀有舰船全部塞满，而是按前排承伤、中后排输出、防空拦截和维修支援分配指挥值，再根据敌方阵容与作战目标调整比例。前排优先选择护甲、血量和减伤较高的舰船，中排配置持续输出或控制单位，后排放置鱼雷、导弹和载机舰；防空舰只在敌方拥有较多战机、护航艇或航母时提高占比。舰队移动速度取决于编队中最慢的舰船，因此主力队不要随意混入速度过低的战列巡洋舰和航母，否则会影响追击、撤退与集火时机。
新手和中期玩家可以先采用“肉盾加反舰输出”的基础结构，再用剩余指挥值补防空或维修。若单队指挥值上限接近400，可参考8艘奇美拉级、8艘卡利斯托级和4艘光锥级防空型的组合，分别占用160、160和80点指挥值，前排由奇美拉承伤，中后排由卡利斯托集中攻击巡洋舰，光锥负责拦截敌方舰载机。敌方空中单位较少时，最后80点可以改成额外反舰输出；若前排频繁被击穿，则优先把部分输出位换成防御型巡洋舰，而不是继续堆攻击舰。
玩家对战时应先观察敌方舰船类型和武器攻击序列，再决定舰队的前排保护对象。艾奥级、斗牛级等前排输出舰虽然伤害高，但自身承伤能力有限，需要用奇美拉、066防御型或其他肉盾舰分担火力；敌方驱逐舰数量较多时，可增加针对驱逐舰的鱼雷、导弹或离子炮单位，敌方护航艇和战机密集时，则保留至少一组防空舰。实战中可将约三成指挥值用于前排承伤、四成至五成用于反舰输出，剩余位置根据敌方空军威胁补防空或维修，不能用固定阵容应对所有战场。舰船站位通常由系统决定，无法靠手动拖动改变，因此保护脆弱输出要依靠舰种搭配。
拆除前哨站、采矿平台和敌方建筑时，应单独编成高速攻城队，不要让主力决战队承担全部任务。诺玛M470级搭配云海级可以承担主要攻城火力，再补入FG300型等高速护卫舰，适合快速接近并拆除前哨站；面对中级或高级采矿平台，则准备一队满编驱逐舰提高持续攻城能力。攻城队中不要混入过多慢速大型舰船，也不要为了增加面板伤害牺牲航速；如果必须加入战列巡洋舰或航母，应提前移动到目标附近，或使用增援方式加入主力，避免整队被最慢舰船拖慢。
完成舰船分组后，应按“确认任务—查看敌情—调整指挥值—检查速度—再下达攻击”的顺序操作。主力接战队优先点满前排舰船的装甲、结构和生存属性，输出舰优先强化武器伤害、命中和冷却，防空舰优先提升拦截范围与装填效率；每次调整后检查是否仍满足指挥值上限，并确认维修舰、载机舰没有挤占关键输出位。普通刷怪以稳定承伤和持续输出为主，玩家战斗以针对敌方主力为主，攻城行动则优先航速、攻城伤害和续航，只有让舰船定位与任务一致，舰队才会在不同阶段保持较低战损和较高作战效率。
