少年三国志征讨玩法主要分布在三大入口，分别是征战界面内的领地征讨与围剿叛军、军团界面内的军团征讨，以及天下界面内的征讨异兽玩法，玩家达到对应等级即可解锁进入。
领地征讨是基础征讨玩法，角色达到32级后解锁，从主界面点击征战按钮，在子界面中找到领地征讨选项即可进入。该玩法以攻占三国城池为核心，每座城池驻守不同战力的守关BOSS，击败后可解锁城池并开启巡逻功能，巡逻能稳定产出银两、武将碎片、装备材料等资源，VIP等级提升可解锁更高级巡逻模式，缩短收益间隔。攻占高级城池还能一次性获取元宝、稀有道具等丰厚奖励，推进时需根据敌方阵容调整布阵，优先突破防御薄弱环节，避免战力浪费，同时可拜访好友领地，协助镇压暴乱获取额外奖励，每日协助次数有限，需合理分配。
围剿叛军是核心征讨资源玩法，35级解锁，入口同样在征战界面内。挑战叛军需消耗征讨令，该道具每小时自动恢复1个，上限为10个，也可通过日常任务、功勋奖励、集市购买等途径获取。攻打主线副本时有概率触发叛军BOSS，触发后进入围剿叛军界面即可挑战，每次攻击可选择消耗1个或2个征讨令，后者能获得多倍攻击加成。叛军分为不同品质，品质越高奖励越丰厚，击杀可获取功勋与战功，功勋累计达标能领元宝、道具等奖励，战功可在战功商店兑换稀有资源。特殊时段挑战有额外福利，全力一击时段征讨令消耗减半，功勋翻倍时段可获取双倍功勋，集中在此类时段作战能最大化资源收益。
军团征讨属于团队征讨玩法，入口在军团界面内，加入军团后即可参与。玩法包含护卫挑战与首领挑战，每日有3次护卫挑战次数与1次首领挑战次数。护卫挑战核心是叠加征讨之力，每次挑战可叠10层，最高叠至500层，能带来全额伤害增幅，同时提升幸运值，幸运值越高，击败首领董卓后掉落稀有宝箱的概率越大。征讨之力buff有持续时长，到期未续会消失需重新叠加，建议军团成员集中完成护卫挑战叠满buff后，再共同挑战首领，伤害会转化为积分，积分排名越高，最终获取的红将灵碎片、奇遇点等奖励越优质。
征讨异兽是高阶征讨玩法，107级解锁，入口在天下小地图左下角或天下界面的集结队伍选项中。该玩法需组队挑战，队伍人数1至5人均可，单人挑战需先创建队伍。异兽分为机械岩穴、烛龙、玄武、灵鲲等类型，各自驻守天下地图一角，难度分多个等级，挑战成功可获取异兽碎片、精炼材料、稀有装备等奖励。玩法日常开启，每周二、周四、周日重置奖励次数，每种异兽每周仅有1次独立奖励次数，挑战失败不扣除次数，掉线重连后按结果判定，无奖励次数时无法进入副本。组队时需搭配输出、辅助、控制型武将，针对不同异兽弱点调整阵容，成员间配合输出才能高效通关，获取高阶养成资源。
