旗舰是军团专属的高级舰船，个人无法独立获取，必须通过军团系统参与建造和管理。旗舰的生产、部署及驾驶权限均由军团高层控制，普通玩家需通过贡献和信任获得驾驶资格。旗舰的战斗力远超常规舰船，但其造价高昂且依赖军团资源，因此需要慎重规划使用策略。
旗舰的获取始于军团生产线，生产材料为军团矿物，这是只有军团才能收集的特殊资源。军团默认拥有一条生产线，但可通过占据主权星系并建设基础装配中心来增设。旗舰生产分为两步：先制造模组，再将模组拼装成完整舰船。生产过程中需要蓝图，但不会消耗，军团蓝图集册会随着主权扩张逐步解锁。旗舰的建造时间较长，且不受个人生产技能加成，因此需要军团成员协同推进。
旗舰部署需要军团占据主权星系并建设旗舰船坞，升级船坞可增加停机坪数量。部署操作由副团长及以上职位成员执行，旗舰管理员需将打包状态的旗舰转移至船坞，并经过一段部署时间才能投入使用。旗舰的武器和装置固定，但组件可自定义，军团需通过生产线制造专用组件以优化性能。旗舰的续航依赖能量块，由军团生产并手动补充，耗尽后仅保留跃迁功能。
驾驶旗舰需由军团高层为成员登记权限，登记后玩家可前往船坞交互并切换为旗舰操控模式。旗舰在战斗中需配合常规舰队行动，单独作战易被集火击毁。由于其战略价值，旗舰常被用于主权争夺战或大型会战，军团需提前制定战术并分配遥修支援，以确保旗舰在战场上的存活与效能。旗舰的维护与使用需军团成员长期协作，个人玩家若想驾驶旗舰，需积极参与军团活动、贡献资源并建立信任。旗舰系统的复杂性体现了第二银河中团队合作的核心价值，也是游戏后期玩法的重要支柱。
