第二银河中旗舰无法通过个人直接获取，核心途径是加入活跃军团，由军团解锁蓝图、筹备资源并在主权星系生产部署，玩家满足资格后可被任命驾驶旗舰。
获取旗舰的核心前提是加入具备主权的军团。旗舰是军团专属战略舰船，四大阵营各有专属旗舰，其蓝图仅能通过军团蓝图集册解锁，解锁进度与军团占据的主权星系数量直接挂钩。军团需持续参与主权争夺战，扩张势力范围，逐步解锁高阶旗舰蓝图，蓝图解锁后永久有效且不会在生产中消耗。无主权的军团无法解锁蓝图、建造船坞或启动生产，因此选择长期活跃、专注主权扩张的军团是获取旗舰的第一步。
旗舰生产需军团统筹资源与生产线筹备。生产核心材料为军团矿物，这类矿物仅能通过军团主权星系的精炼厂采集，需军团成员协作完成采集运输。军团默认拥有一条生产线，可通过在主权星系建设基础装配中心增设生产线，提升生产效率。生产流程分两阶段，先消耗军团矿物生产舰体、武器、能源等核心模组，再将模组在军团生产线组装为完整旗舰，整个过程依赖军团整体实力，不受个人生产技能加成。军团需在主权星系建造旗舰船坞，船坞分5级，每级新增一个泊位，是旗舰部署与停靠的必要设施。
旗舰部署与装配需军团管理员操作。生产完成的旗舰存放于军团仓库，需副军团长及以上权限的管理员将其部署至主权星系的旗舰船坞。部署后需完成组件装配，旗舰武器与基础装置固定，可根据战术需求搭配防御、辅助类组件，组件同样由军团生产线制造。装配完成后，还需生产能量块作为旗舰战斗核心能源，保障武器与装置正常运转，能量块需定期补充，由管理员在船坞操作添加。
玩家驾驶旗舰需满足双重条件并完成登记。玩家需先完成对应阵营的旗舰驾驶资格审核任务，获取驾驶权限。随后需获得军团团长或副团长任命的旗舰驾驶员职务，才能进行登记操作。登记时在旗舰管理面板绑定对应旗舰，单艘旗舰仅能绑定一名驾驶员，绑定关系需管理员或驾驶员本人解除。登舰时驾驶常规舰船前往旗舰船坞，通过交互按钮登舰，登舰后原舰船自动归还船坞，即可操控旗舰执行作战、跃迁等任务。
