秘境是一个重要的玩法区域，玩家可以通过主城右侧的绿色传送门进入。这个传送门有明显的标识，靠近后按E键即可进行排队或直接进入。秘境系统经过改版后，原有的暗影塔奖励已全部移植至秘境中，包括月魂、泰坦魂和神魂等珍贵资源。秘境支持最多8人组队挑战，玩家可以选择匹配队友或建立私人秘境。
进入秘境后，玩家需要完成特定的挑战条件才能召唤BOSS。通常需要击杀规定数量的怪物或在限定时间内清除所有敌人。秘境分为多个层级，从25层开始会出现黑箱奖励，每3层一个黑箱，每周最多可获取6个黑箱奖励。打开黑箱需要提前准备暗影钥匙，这种钥匙可以在秘境工作台处制作。如果忘记制作钥匙，在黑箱层也会提供临时工作台供玩家使用。
秘境中的奖励兑换需要通过暗影商人进行，玩家可以使用获得的月魂兑换大宝石箱子，泰坦魂和神魂则建议优先兑换龙碎片。秘境探险过程中，击败小怪和精英怪都有几率掉落暗影束缚等材料。精英怪通常比普通小怪体型更大，开启游戏内辅助功能后会有明显标识。秘境还设有每周排行榜系统，排名靠前的玩家可以获得额外的大宝石箱子奖励。
秘境玩法对装备有一定要求，建议玩家战力达到一定水平后再挑战高层秘境。装备锻造系统可以帮助玩家快速获取高品质装备，分解装备获得的块状元素是锻造的重要材料。秘境中的食物推荐使用电解质，旗帜则建议使用击杀U10利维坦掉落的蓝火或紫火。
